samedi 5 septembre 2020
« Au rythme actuel avec nos tests RT-PCR, nous allons confiner des dizaines de milliers de gens pour rien », alerte le Dr. Yvon Le Flohic
Source : https://www.industrie-techno.com/article/au-rythme-actuel-avec-nos-tests-rt-pcr-nous-allons-confiner-des-dizaines-de-milliers-de-gens-pour-rien-alerte-le-dr-yvon-le-flohic.61409
Membre du collectif de professionnels de santé auteur de deux tribunes publiées cet été pour pousser à la prise en compte de la contamination par aérosol avec notamment le port du masque en lieux clos, le Docteur Yvon Le Flohic est médecin généraliste et ancien membre de la cellule de veille épidémiologique de la grippe H1N1. Depuis plusieurs mois déjà, il questionne la stratégie de dépistage fondée sur les tests RT-PCR. Il explique aujourd’hui pour Industrie & Technologies en quoi l’usage actuel de ces tests de diagnostic pour évaluer la contagiosité des personnes est inefficace et impose des quatorzaines inutiles. Avec la croissance du nombre de nouveaux cas, il alerte sur le coût socio-économique de la multiplication des confinements individuels. Repenser la doctrine française s’impose.
Membre du collectif de professionnels de santé auteur de deux tribunes publiées cet été pour pousser à la prise en compte de la contamination par aérosol avec notamment le port du masque en lieux clos, le Docteur Yvon Le Flohic est médecin généraliste et ancien membre de la cellule de veille épidémiologique de la grippe H1N1. Depuis plusieurs mois déjà, il questionne la stratégie de dépistage fondée sur les tests RT-PCR. Il explique aujourd’hui pour Industrie & Technologies en quoi l’usage actuel de ces tests de diagnostic pour évaluer la contagiosité des personnes est inefficace et impose des quatorzaines inutiles. Avec la croissance du nombre de nouveaux cas, il alerte sur le coût socio-économique de la multiplication des confinements individuels. Repenser la doctrine française s’impose.
Industrie & Technologies : Vous vous interrogez sur
l’inadéquation du dépistage par RT-PCR du Covid-19 pour identifier les
patients contagieux. Pourquoi ?
Dr. Yvon Le Flohic : Le test RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngé est le principal, sinon le seul, test dont nous disposons. C’est lui qui façonne notre vision de l’épidémie. Mais comme tout test médical, il a ses caractéristiques et ses limites, notamment en termes de sensibilité et de spécificité, qui doivent déterminer son usage. Il n’est pas question de remettre en question la puissance de la technique de RT-PCR, mais il faut comprendre que l’on utilise les tests RT-PCR comme un test de contagiosité sans prendre en compte leurs limites en la matière. Ce qui fait que les tests RT-PCR pratiqués actuellement en France sont de mauvais tests de contagiosité. Or c’est sur eux que l’on se base pour isoler les personnes infectées – ce qui peut avoir de lourdes conséquences personnelles et sociales – et pour, conjointement avec les mesures de prévention comme le port du masque, ralentir la propagation de l’épidémie. L’enjeu est donc majeur, d’autant plus que l’augmentation des nouveaux cas continue.
En quoi les tests RT-PCR sont-ils de mauvais tests de contagiosité ?
Tout d’abord, le test RT-PCR n’est pas un test de la présence du virus mais un test de la présence de séquences génétiques du virus. Or les personnes peuvent excréter des séquences virales sans pour autant excréter de virus vivants. C’est une première raison qui fait que l’on peut être positif à la RT-PCR sans pour autant être contagieux. Par exemple 20, 30 voire 45 jours après le début des symptômes. Deuxième raison : la RT-PCR fonctionne par répétition de cycles de multiplication de la quantité des séquences génétiques cibles présentes dans l’échantillon d’origine jusqu’à atteindre une quantité détectable. C’est ce qui fait la puissance de cette technique : en poussant le nombre de cycles, on peut arriver à détecter de très petites quantités de matériel génétique. Mais c’est aussi un écueil pour mesurer la contagiosité. Car il faut qu’une personne excrète une dose minimale de virus pour qu’elle puisse être contagieuse. C’est le cas pour toute maladie virale : il faut être en contact avec une quantité minimale de virus, ce que l’on appelle l’inoculum, pour être infecté. Avec les dizaines de cycles de PCR utilisés dans les labos pour les tests, on peut très bien sortir positif alors qu’on n’excrète qu’une trop faible quantité de virus pour être contagieux ou à tout le moins pour être fortement contagieux.
Il y a aussi une question de « timing » : on teste parfois trop tôt et souvent trop tard…
La cinétique de l’excrétion du virus n’est effectivement pas bien prise en compte. La quantité de virus excrétée par une personne infectée part de zéro, augmente, atteint un pic puis redescend progressivement, avec parfois des oscillations autour du niveau bas. La pertinence d’un test RT-PCR dépend donc du moment auquel il est réalisé. Si c’est trop proche de la date de contamination, la quantité de virus sera trop faible pour être détectée par la PCR. Le test sera négatif alors que, quelques jours plus tard, la personne excrètera plus de virus et sera contagieuse. C’est pour cela que l’on préconise généralement pour les cas contacts un test 7 jours après la contamination potentielle. D’autre part, on estime aujourd’hui que la plupart des contaminations interviennent entre 2 jours avant l’apparition des symptômes et 7 jours après (hors cas sévères). Environ 50% des contagions auraient lieu avant le début des symptômes. Cette cinétique est à mettre en relation avec la politique actuelle envers les clusters : le temps de constater des symptômes, d’enregistrer au moins 3 cas positifs, de retracer leurs contacts, de les faire tester et d’obtenir les résultats, on va probablement finir par mettre en quatorzaine des personnes au moment où ils ne sont plus ou presque plus contagieux. C’est à la fois peu efficace pour éteindre les clusters et inutilement pénalisant pour la société.
Est-il possible de mieux tester la contagiosité ? Y a-t-il des alternatives à la RT-PCR ?
Il n’y a pas vraiment d’alternative à la détection du virus par son matériel génétique via la RT-PCR. Les tests sérologiques n’ont pas d’utilité en matière de contagiosité et la troisième catégorie de tests, la détection antigénique, n’est pas là. Mais on peut utiliser la RT-PCR différemment et modifier la politique de dépistage (la doctrine d'emploi) pour tenir compte des caractéristiques des tests et de ce que l’on sait de la contagiosité. En termes de stratégie, plutôt que le dépistage massif et aveugle vers lequel on s’est orienté, il serait plus judicieux de réellement intégrer le fait que l’épidémie se propage majoritairement de lieux clos en lieux clos plutôt que de façon inter-individuelle. Cela voudrait dire cibler le dépistage sur les clusters potentiels. En réalisant des tests plus rapidement, plus facilement et de façon répétée dans le temps pour être le plus réactif possible. Voire pour être préventif. C’est possible d’aller dans cette direction.
Comment faire concrètement ?
Tout d’abord avec des tests salivaires. Les études s’accumulent pour montrer que la RT-PCR pratiquée sur des prélèvements salivaires donne des tests presque aussi performants qu’avec des prélèvements naso-pharyngés. Passer aux salivaires facilite énormément le déploiement de tests : pas besoin d’un technicien en tenue de cosmonaute pour faire un prélèvement. On pourrait le faire chez soi. Donc bien plus rapidement et de façon répétée. Deuxièmement, il serait intéressant d’utiliser une méthode bien connue appelée le pooling : on mélange les échantillons d’un groupe de personnes et on teste le tout. Ce qui permet de dire soit tout le monde est négatif, soit il y a au moins une personne positive dans le lot. C’est moins précis que des tests individuels, évidemment, mais l’intérêt est notamment de pouvoir sécuriser préventivement les communautés les plus à même de devenir des clusters. Prenez par exemple un Ehpad : on pourrait faire deux fois par semaine des prélèvements salivaires de tous les résidents et personnels, mélanger le tout et tester. Cela permettrait de détecter un cluster potentiel au plus tôt. On pourrait faire de même avec des entreprises, des écoles…
Vous remettez aussi en question l’isolement de 14 jours. Pourquoi ? Quelle serait l’alternative ?
Il s’agit de viser des mesures réellement efficaces mais aussi proportionnées. Aujourd’hui, les personnes mises en quatorzaine ne sont souvent pas ou plus contagieuses – rappelons que la contagiosité chute 7 jours après le début des symptômes. Une analyse publiée par le New-York Times le 29 août estime que, sur des ensembles de cas testés positifs – et donc placés en isolement - cet été sur la côte Est des Etats-Unis, 90% n’étaient pas contagieux… Une étude de Harvard Medical School publiée quelques jours plus tôt permet de comprendre pourquoi : des patients non contagieux portant de très faibles quantités de virus ou de simples débris de virus peuvent être positifs à la PCR. Il ne s’agit pas de faux positifs, mais de l’usage à contre-emploi d’un test diagnostic comme un test de contagiosité. En Allemagne, le virologue Christian Drosten, très écouté, propose une approche différente pour les clusters : plutôt que de retracer et tester laborieusement les cas contacts pour mettre les positifs en quatorzaine, isolons immédiatement tous les cas contacts, sans les tester, mais seulement pendant 7 jours. Après quoi, on les teste par RT-PCR en définissant un niveau d’amplification, c’est-à-dire un nombre de cycles de PCR, au-delà duquel on considère qu’il n’y a plus de risque significatif. Ils peuvent alors reprendre leurs activités.
N'est-ce pas risqué ?
Quand bien même on laisserait ainsi passer certaines personnes potentiellement contagieuses, le surcoût sanitaire serait faible puisqu’elles seraient loin d’excréter beaucoup de virus. En revanche, pour ces personnes et la société, le gain de passer de 14 à 7 jours d’isolement serait élevé. C’est une piste. L’idée au fond est d’éviter un confinement individuel qui n’est pas vraiment utile tout en étant plus efficace. Si l’on ne change pas la façon d’utiliser les tests RT-PCR pour prévenir les contagions, nous allons confiner des dizaines de milliers de gens pour rien ou presque. Au rythme actuel, on atteindra dans deux semaines 10 000 à 15 000 nouveaux cas par jour en France. Et autant de personnes isolées pendant 15 jours. L’impact social va finir par être très lourd, avec des entreprises pénalisées, des classes et écoles qui ferment. Il s’agit de mettre en œuvre un confinement à la fois plus efficace, plus déployable, et à la fois moins pénalisant. En utilisant toujours la RT-PCR : nous entendons que les tests RT-PCR donnent de nombreux faux positifs, c'est faux. Ce test est très fiable mais son usage comme test de contagiosité impose des adaptations, et notamment de prendre en compte le niveau d'amplification pour avoir une mesure plus quantitative. Espérons enfin que l'apport rapide de nouvelles techniques nous permette d'agir plus en amont, préventivement, pour sécuriser les communautés et maintenir le plus possible les activités, de façon sécurisée.
Dr. Yvon Le Flohic : Le test RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngé est le principal, sinon le seul, test dont nous disposons. C’est lui qui façonne notre vision de l’épidémie. Mais comme tout test médical, il a ses caractéristiques et ses limites, notamment en termes de sensibilité et de spécificité, qui doivent déterminer son usage. Il n’est pas question de remettre en question la puissance de la technique de RT-PCR, mais il faut comprendre que l’on utilise les tests RT-PCR comme un test de contagiosité sans prendre en compte leurs limites en la matière. Ce qui fait que les tests RT-PCR pratiqués actuellement en France sont de mauvais tests de contagiosité. Or c’est sur eux que l’on se base pour isoler les personnes infectées – ce qui peut avoir de lourdes conséquences personnelles et sociales – et pour, conjointement avec les mesures de prévention comme le port du masque, ralentir la propagation de l’épidémie. L’enjeu est donc majeur, d’autant plus que l’augmentation des nouveaux cas continue.
En quoi les tests RT-PCR sont-ils de mauvais tests de contagiosité ?
Tout d’abord, le test RT-PCR n’est pas un test de la présence du virus mais un test de la présence de séquences génétiques du virus. Or les personnes peuvent excréter des séquences virales sans pour autant excréter de virus vivants. C’est une première raison qui fait que l’on peut être positif à la RT-PCR sans pour autant être contagieux. Par exemple 20, 30 voire 45 jours après le début des symptômes. Deuxième raison : la RT-PCR fonctionne par répétition de cycles de multiplication de la quantité des séquences génétiques cibles présentes dans l’échantillon d’origine jusqu’à atteindre une quantité détectable. C’est ce qui fait la puissance de cette technique : en poussant le nombre de cycles, on peut arriver à détecter de très petites quantités de matériel génétique. Mais c’est aussi un écueil pour mesurer la contagiosité. Car il faut qu’une personne excrète une dose minimale de virus pour qu’elle puisse être contagieuse. C’est le cas pour toute maladie virale : il faut être en contact avec une quantité minimale de virus, ce que l’on appelle l’inoculum, pour être infecté. Avec les dizaines de cycles de PCR utilisés dans les labos pour les tests, on peut très bien sortir positif alors qu’on n’excrète qu’une trop faible quantité de virus pour être contagieux ou à tout le moins pour être fortement contagieux.
Il y a aussi une question de « timing » : on teste parfois trop tôt et souvent trop tard…
La cinétique de l’excrétion du virus n’est effectivement pas bien prise en compte. La quantité de virus excrétée par une personne infectée part de zéro, augmente, atteint un pic puis redescend progressivement, avec parfois des oscillations autour du niveau bas. La pertinence d’un test RT-PCR dépend donc du moment auquel il est réalisé. Si c’est trop proche de la date de contamination, la quantité de virus sera trop faible pour être détectée par la PCR. Le test sera négatif alors que, quelques jours plus tard, la personne excrètera plus de virus et sera contagieuse. C’est pour cela que l’on préconise généralement pour les cas contacts un test 7 jours après la contamination potentielle. D’autre part, on estime aujourd’hui que la plupart des contaminations interviennent entre 2 jours avant l’apparition des symptômes et 7 jours après (hors cas sévères). Environ 50% des contagions auraient lieu avant le début des symptômes. Cette cinétique est à mettre en relation avec la politique actuelle envers les clusters : le temps de constater des symptômes, d’enregistrer au moins 3 cas positifs, de retracer leurs contacts, de les faire tester et d’obtenir les résultats, on va probablement finir par mettre en quatorzaine des personnes au moment où ils ne sont plus ou presque plus contagieux. C’est à la fois peu efficace pour éteindre les clusters et inutilement pénalisant pour la société.
Est-il possible de mieux tester la contagiosité ? Y a-t-il des alternatives à la RT-PCR ?
Il n’y a pas vraiment d’alternative à la détection du virus par son matériel génétique via la RT-PCR. Les tests sérologiques n’ont pas d’utilité en matière de contagiosité et la troisième catégorie de tests, la détection antigénique, n’est pas là. Mais on peut utiliser la RT-PCR différemment et modifier la politique de dépistage (la doctrine d'emploi) pour tenir compte des caractéristiques des tests et de ce que l’on sait de la contagiosité. En termes de stratégie, plutôt que le dépistage massif et aveugle vers lequel on s’est orienté, il serait plus judicieux de réellement intégrer le fait que l’épidémie se propage majoritairement de lieux clos en lieux clos plutôt que de façon inter-individuelle. Cela voudrait dire cibler le dépistage sur les clusters potentiels. En réalisant des tests plus rapidement, plus facilement et de façon répétée dans le temps pour être le plus réactif possible. Voire pour être préventif. C’est possible d’aller dans cette direction.
Comment faire concrètement ?
Tout d’abord avec des tests salivaires. Les études s’accumulent pour montrer que la RT-PCR pratiquée sur des prélèvements salivaires donne des tests presque aussi performants qu’avec des prélèvements naso-pharyngés. Passer aux salivaires facilite énormément le déploiement de tests : pas besoin d’un technicien en tenue de cosmonaute pour faire un prélèvement. On pourrait le faire chez soi. Donc bien plus rapidement et de façon répétée. Deuxièmement, il serait intéressant d’utiliser une méthode bien connue appelée le pooling : on mélange les échantillons d’un groupe de personnes et on teste le tout. Ce qui permet de dire soit tout le monde est négatif, soit il y a au moins une personne positive dans le lot. C’est moins précis que des tests individuels, évidemment, mais l’intérêt est notamment de pouvoir sécuriser préventivement les communautés les plus à même de devenir des clusters. Prenez par exemple un Ehpad : on pourrait faire deux fois par semaine des prélèvements salivaires de tous les résidents et personnels, mélanger le tout et tester. Cela permettrait de détecter un cluster potentiel au plus tôt. On pourrait faire de même avec des entreprises, des écoles…
Vous remettez aussi en question l’isolement de 14 jours. Pourquoi ? Quelle serait l’alternative ?
Il s’agit de viser des mesures réellement efficaces mais aussi proportionnées. Aujourd’hui, les personnes mises en quatorzaine ne sont souvent pas ou plus contagieuses – rappelons que la contagiosité chute 7 jours après le début des symptômes. Une analyse publiée par le New-York Times le 29 août estime que, sur des ensembles de cas testés positifs – et donc placés en isolement - cet été sur la côte Est des Etats-Unis, 90% n’étaient pas contagieux… Une étude de Harvard Medical School publiée quelques jours plus tôt permet de comprendre pourquoi : des patients non contagieux portant de très faibles quantités de virus ou de simples débris de virus peuvent être positifs à la PCR. Il ne s’agit pas de faux positifs, mais de l’usage à contre-emploi d’un test diagnostic comme un test de contagiosité. En Allemagne, le virologue Christian Drosten, très écouté, propose une approche différente pour les clusters : plutôt que de retracer et tester laborieusement les cas contacts pour mettre les positifs en quatorzaine, isolons immédiatement tous les cas contacts, sans les tester, mais seulement pendant 7 jours. Après quoi, on les teste par RT-PCR en définissant un niveau d’amplification, c’est-à-dire un nombre de cycles de PCR, au-delà duquel on considère qu’il n’y a plus de risque significatif. Ils peuvent alors reprendre leurs activités.
N'est-ce pas risqué ?
Quand bien même on laisserait ainsi passer certaines personnes potentiellement contagieuses, le surcoût sanitaire serait faible puisqu’elles seraient loin d’excréter beaucoup de virus. En revanche, pour ces personnes et la société, le gain de passer de 14 à 7 jours d’isolement serait élevé. C’est une piste. L’idée au fond est d’éviter un confinement individuel qui n’est pas vraiment utile tout en étant plus efficace. Si l’on ne change pas la façon d’utiliser les tests RT-PCR pour prévenir les contagions, nous allons confiner des dizaines de milliers de gens pour rien ou presque. Au rythme actuel, on atteindra dans deux semaines 10 000 à 15 000 nouveaux cas par jour en France. Et autant de personnes isolées pendant 15 jours. L’impact social va finir par être très lourd, avec des entreprises pénalisées, des classes et écoles qui ferment. Il s’agit de mettre en œuvre un confinement à la fois plus efficace, plus déployable, et à la fois moins pénalisant. En utilisant toujours la RT-PCR : nous entendons que les tests RT-PCR donnent de nombreux faux positifs, c'est faux. Ce test est très fiable mais son usage comme test de contagiosité impose des adaptations, et notamment de prendre en compte le niveau d'amplification pour avoir une mesure plus quantitative. Espérons enfin que l'apport rapide de nouvelles techniques nous permette d'agir plus en amont, préventivement, pour sécuriser les communautés et maintenir le plus possible les activités, de façon sécurisée.
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